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钱柜在线:手把手教你用PyMOL作出蛋白结构图——进阶篇

发布时间:2021-06-21    来源:钱柜首页93767

本文摘要:PyMOL除开认真观察蛋白质的功能以外还能够保证什么,在这儿要想和大伙儿一起,用一个案例来诠释一下怎样应用PyMOL认真观察蛋白与配位中间的相互影响关联:1、找寻你需要的蛋白质文档Pymol环境变量能够合上的格式文件是大家都很熟识的PDB文件格式,我们可以从pdb这一网站地址中iTunes到。

PyMOL除开认真观察蛋白质的功能以外还能够保证什么,在这儿要想和大伙儿一起,用一个案例来诠释一下怎样应用PyMOL认真观察蛋白与配位中间的相互影响关联:1、找寻你需要的蛋白质文档Pymol环境变量能够合上的格式文件是大家都很熟识的PDB文件格式,我们可以从pdb这一网站地址中iTunes到。认为大伙儿展览的这一目标为例证---3ODU(一种与癌病移往和HIV病毒性感染相关的G蛋白偶联反应蛋白激酶),我们可以必需依照下列途径必需合上:在ExternalGUI中自由选择File—GetPDB,经常会出现以下提示框,輸出我们要去找的蛋白的PDB号,页面Download,就可以必需iTunes相匹配的PDB文档了,比较慢便捷。2、对InternalGUI中的五个功能键进行作业者All指全部的目标,3ODU指刚刚合上的文档,(sele)是自由选择的目标按键。A:意味着对这一目标的各种各样action;S:说明这一目标的某类款式;H:隐秘某类款式;L:说明某类label;C:说明的色调。

下边是操作流程:页面all中的H,自由选择everything,隐秘全部;页面3ODU中的S,自由选择cartoon,以cartoon方式说明蛋白;页面3ODU中的C,自由选择byss,以二级结构分派色调,自由选择。页面右下方的S,对话框上边经常会出现蛋白氨基酸序列,找寻1164位于的小分子水缓聚剂配位ITD,页面自由选择。

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这时sele中就不容易包含ITD所相匹配的残基方向,页面(sele)讫的A,自由选择renameselection,对话框中经常会出现。变动sele为ITD,然后页面(ITD)讫的S自由选择sticks,页面C,自由选择byelement,自由选择。调节对话框使此分子结构准确说明。

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3、寻找ITD与蛋白相互影响的氢键ITD行页面A自由选择find,自由选择polarcontacts,再作依据务必自由选择,这儿自由选择tootheratomsinobject,分子结构说明对话框中经常会出现好多个淡黄色的虚线。ITD行下边经常会出现了新的一行。

这就是氢键的目标,页面这一行的C,自由选择red,把氢键说明为鲜红色。4、说明跟ITD组成氢键的残基页面3ODU讫的S,自由选择lines,说明出有全部残基的主链,用以电脑鼠标转动蛋白寻找与ITD以鲜红色虚线联接的残基,各自页面自由选择这种残基。

注意这时selecting如果residures而不是atoms。自由选择的情况下要仔细。

中断自由选择能够再一次页面已自由选择的残基。用以所述的方式把自由选择的残基(sele)改名为S1。页面S1讫的S自由选择sticks,C自由选择byelements。

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页面L自由选择residures说明出有残基名字.在这个事例中寻找在其中有一个N含有3个氢键有两个能够找寻两者之间相接的碳水化合物残基,另一个去找接近,这是由于这一氢键有可能是与水分组成的,水分在pdb文件时要用一个O答复,sticks动态显示没说明出去水分,页面all行S自由选择nonbonded,这时就看见一个水与N组成氢键。页面分子结构空白,随后页面自由选择这一水分,变动它的姓名为w。

在all行页面H,自由选择lines,再作自由选择nonbonded,把这种动态显示除去只交给cartoon。页面w行S自由选择nb-spheres。5、最终的结束工作中残基名字方向的调节:页面右下方将3-buttonviewing更改为3-buttonviewingediting,那样就可以编写修改pdb文件了,我们可以将label的方向进行修改,让说明更加明确,随后调节角度方位直至说明心寒已经,这时候就可以存留图片了,途径是file>saveimageas>png。

为了更好地得到 更高品质和更为讨人喜欢得图片我们可以对工具栏依照下边的途径以后应急处置:Setting>cartoon>highlightcolor(加重饱和度);Setting>cartoon>fancyhelix;Setting>transparency>cartoon>调整清晰度至50%;Setting>label>size(调整label文字大小);Display>backgroundcolor>white(情况设定为白);这时对话框中的图象理应不太好看,我们可以尝试页面右上方的Draw/Ray。自由选择Draw应急处置的速率不容易变慢,闲置不用电脑资源不容易较少,自由选择Ray,图型的水平高些,这儿我自由选择的便是Ray。等待一会,顺利完成后就寻找图片明确立体式多了,这时候千万别再作在图片上页面了,赶快存留图片。那样最终就不容易得到 一张展览配位与蛋白质涉及到残基中间氢键具有的图片了。


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